Игра Ниер аутомата предлагает юзерам на выбор одного из двух забавных дроидов: девочка 2В хладнокровная и уравновешенная, она беспрепятственно выполняет приказания главнокомандующего и на нее возложена миссия главной боевой единицы. Ее напарником был 9S, он отменный разведчик и способен взломать шифр любой системы безопасности. Перед ними поставлена непростая цель, они обязаны разведать причину назревающей войны.
Однако в ходе преодоления предназначенной задачи в Ниер аутомата, они сталкиваются с собственными эмоциональными трудностями. Если для девушки эмоции не свойственны, то для мальчика присущи такие качества как любознательность и выразительность. NieR Automata выделяется тем, что по завершении эпизодов, геймер может пройти геймплей заново, только управляя другим персонажем. Каждый раз игра приобретает новые особенности и преимущества. При выполнении уровней сначала, исход бывает разными, а точнее 26 версий развязки событий. Кроме указанных героев, играть можно еще несколькими не менее прикольными и оригинальными.