Невероятно печальные жизненные происшествия приключились с героем игры Айзек. Ничто не предвещало угрозы в беззаботной жизни маленького мальчика, который проживал в небольшом домике вместе матерью.
У мальчишки было вполне обычное детство, где он мог рисовать картинки, играть плюшевыми игрушками до тех пор, пока мать, свято верующая в Бога и постоянно смотрящая христианские телепередачи, неожиданно не услышала таинственный небесный голос. Он говорит, что ее сын осквернен и нужно спасать его грешную душу. Любящая мамочка беспрекословно подчиняется указам и отбирает у сынишки все блага, вплоть до одежды.
Но на этом в игре все не заканчивается, женщина снова услышала обращение сверху, в котором требовалось оборвать связи с внешним миром. Тогда она запирает мальчугана в темном чулане на ключ. Однако вскоре поступает еще один приказ, вынуждающий принести пленника в жертву, и мамаша берет разделочный ножик и направляется в кладовку. Подопечный уведел эту картину через щель, и панике не было предела. Тогда он находит люк под ковриком и прыгает. Айзек на русском предусматривает двенадцать исходов игрового процесса, зависящих от последовательности действий.